幕末の長崎港・出島遠景
(横浜開港資料館蔵)
幕末に海援隊士が闊歩した寺町界隈
(横浜開港資料館蔵)
慶応三年（１８６７）十一月十五日午後九時過ぎ、坂本龍馬は京都・近江屋で七名の刺客に襲われ、闘死して果てた。海援隊長・坂本龍馬の自由奔放、それでいて成算を感じさせる確かな行動は、維新を間違いなく手繰り寄せたのである。だから坂本龍馬と云う支柱を失った海援隊は大きな転機を迎え、やがてその求心力を失い方向性を見失って、四散潰滅してしまう。
坂本龍馬の葬儀を無事終えた海援隊の一同は、幕府の探索の目が厳しい京を出て一旦大坂に集結したが、その中では陸奥陽之助らを中心とした一団が、自分達自らの手で隊長・坂本龍馬の復讐を実行するのだと息巻き、血眼になって下手人の捜索に乗り出した。そして紀州藩の用人三浦休太郎を犯人と誤認して、彼の止宿「天満屋」を襲ったが本人を取り逃がし、思ったほどの成果を上げ得なかった。そうした十二月九日には王政復古令が発布され、時代は一気に新政府樹立へと動いていた。そして年が明けて一月三日には、鳥羽・伏見の戦いが始まる。
坂本龍馬・中岡慎太郎遭難の碑 中岡慎太郎の銅像
（四条河原町） （室戸市室戸岬町）
此の頃の海援隊士の行動は、「天満屋」襲撃後、若い血をたぎらせていた中島作太郎は高野山の挙兵に参加し、そして独自の道を模索する陸奥陽之助等の一団を残して、菅野覚兵衛を中心とする集団が、一先ず横笛丸で長崎に帰った。
鳥羽・伏見の戦いで幕府軍が敗退し、将軍が大坂城を放棄する事態に到っては、海援隊のみならず、京都に集結していた諸国の勤王の志士達も、それぞれの志を生かすために各地へと散っていった。
亀山社中に至る通称・龍馬通り（今にも龍馬の生き遣いが聞こえてきそうだ）
亀山社中跡前の路地にある龍馬のブーツ像
こうして長崎の本部に留まっていた海援隊士は凡そ十名程度で、菅野覚兵衛と渡辺剛八の二人が隊士の統制にあたっていたが、隊長龍馬の死後、事実上の保護・指導にあたったのは土佐藩大監察・佐々木高行だった。龍馬の死後は、海援隊の活動も思わしくなく、窮乏者が出る始末で、佐々木は其の都度藩金を流用するなどして、一部の窮乏する隊士の面倒を見ていた。そして十二月三十日には「いろは丸沈没事件」の賠償金、一万五千三百四十五両が分配され、大半の隊士が当座を凌いだ。
此の頃から海援隊は、菅野覚兵衛を中心とした長崎駐在派と、各地で分散して活躍する者たちとに区分され、殆ど分裂状態となっていった。
此処長崎にも京阪の唯ならぬ様子が聞こえて来初めて、長崎に駐留していた奉行所付けの遊撃隊（三百人）や、幕府から特派されていた徴兵隊（三百人）が一斉に引き揚げ、長崎奉行も退去する始末で、長崎は一転無法状態となった。そうした時、佐々木を始め菅野覚兵衛、渡辺剛八、吉井源馬、野村辰太郎、関雄之助、佐々木栄、山本洪堂、佐柳高次等の海援隊士が中心となって、長崎奉行所を占拠し、長崎の治安維持に努めている。此の時、海援隊士の関雄之助が薩摩藩士川端半助を誤殺し、其の責を負って割腹して果てている。
当時の海援隊の責任者 長崎奉行所占拠事件のあった奉行所西役所跡
菅野覚兵衛（井口家蔵） （現在の長崎県庁玄関横）
海援隊は、一先ず長崎会議所を設けて内外の政務を執り、その間に菅野覚兵衛が上京して、事の次第を新政府に上申し、是に伴い沢宣嘉が九州鎮撫総督として派遣されて来て、海援隊から長崎会所の事務を引き継ぎ、総督としての治政をしいている。
その間に天領だった天草富岡代官所襲撃事件が発生したが、其の鎮撫に吉井源馬と山本洪堂等が向かい、一発の銃砲も射つことなく事件を鎮め、治安維持に努めている。
海援隊時代の佐柳高次（右端・前田隆次氏蔵） 坂本龍馬亡き後り海援隊の
面倒を良く見た佐々木高行
一方、京、大坂に滞在し、時勢を見極めていた長岡謙吉を中心とする海援隊の一派は、幕府軍が大敗し京、大坂から一掃されたのを見て、八木（宮地）彦三郎等同志十二名を結集、天領であった小豆島や塩飽諸島を鎮撫した。そして長岡謙吉はこうした状況を建白書にして度々新政府に提出し、四月十二日には土佐藩大監察・小南五郎右衛門より海援隊長に新任された。是が新海援隊で、詳細についてはその後の海援隊・２として後述する。
こうして海援隊は長崎と塩飽諸島鎮撫派に分裂状態となり、一部には新政府への出仕を希望する者さえ出て、結束は緩みつつあった。此の様な情勢を見ていた土佐藩庁から四月二十七日付けで、長崎の海援隊指導者であった菅野覚兵衛と、大山壮八（渡辺剛八）宛に次の様な通告文が出された。
昨年深き思召有之、海陸援隊御組立相成り候より、各粉骨を尽くし出精有之候処、爾後時勢変革、今日に至り、候ては、王政復古更始御一新之御趣意に奉随、一先御解放之思召有之候間其心得隊中へ不漏様、可被申聞候。
閏四月念七 真辺栄三郎
大山壮太郎殿
菅野覚兵衛殿
是を以て海援隊は正式に解散した。
なお長崎在住派の主要隊士のその後については、塩飽から長崎に帰った石田英吉、そして野村辰太郎が長崎遊撃隊の御用掛に任命され、そして遊撃隊が長崎振遠隊に改編されると菅野覚兵衛、大山壮太郎も幹部として参加し、奥羽地方の内戦に参加していった。
幕末に結成された長崎振遠隊 振遠隊の幹部として奥羽地方
の内戦に参加した石田英吉
陸奥陽之助、中島作太郎、安岡金馬、白峰駿馬、吉井源馬等は新政府に出仕し、龍馬の夢の達成には至らずに、三々五々と散っていき、その後は明治新政府のそれぞれの場で、活躍していった。詳細は海援隊士略伝の項を参照のこと。